Al fallecido Conrado II, le sucede su hijo ENRIQUE III el Negro (1039-1056) gran cristiano y decidido defensor de la fe. Impone al Imperio su máxima centralización llevándolo a la cumbre de su poder.

ENRIQUE III el negro, emperador de Alemania, extiende los dominios imperiales por Bohemia, Hungría y Polonia a quienes consigue hacer feudatarios del Imperio. Domina a la nobleza y continúa insistiendo en la reforma eclesiástica logrando imponer decididamente su predominio frente al papado. Por todo ello, se atrae el creciente resentimiento de nobles y obispos. ENRIQUE III lleva a una Alemania, dividida por la guerra civil, la Paz y Tregua de Dios inspirada en Cluny, una interrupción de la contienda que duraba desde la puesta del sol del viernes hasta su salida del lunes, e intentará en vano hacer de ella una paz permanente. Pondrá fin al pago para el nombramiento de nuevos obispos como tributo a la corona -una práctica denominada simonía- aunque todavía investía a los eclesiásticos, quienes mantenían sus vasallos.

Estalla en Roma una sublevación contra los tusculanos , debida en parte a la escandalosa conducta del Papa, y en parte al resentimiento ocasionado por la prepotencia y la arrogancia de su familia. Esta sublevación obliga al papa BENEDICTO IX a salir huyendo de la ciudad.

Ante la huida de Roma del papa BENEDICTO IX, los romanos, dirigidos por los Crescencio ponen en el trono al obispo de Sabina, SILVESTRE III -antipapa- (20.1.1045 -10.3.1045).

BENEDICTO IX es papa por segunda vez (10.3.1045-1.5.1045). Ante la situación del papado y como, pese a todo, el papa legítimo es BENEDICTO IX ya que no ha sido depuesto formalmente, el emperador ENRIQUE III interviene en su favor, reponiéndolo en el solio. BENEDICTO IX excomulga a SILVESTRE III y el 19 de marzo de 1045 vuelve a entrar en Roma.

Para poner término a tan lamentable situación en el papado, el arcipreste de S.Juan in Porta Latina, Juan GRACIANO, hombre de gran fortuna personal, padrino del papa, ofrece al pontífice una importante cantidad de dinero -100 talentos de plata- si abdica, a lo que, en la fecha, accede BENEDICTO IX con el propósito de casarse. BENEDICTO IX abandona Roma. Parece que no ha sido una compra simoníaca de la dignidad pontificia, sino, como parece más probable, dándole un subsidio con que poder vivir.

El gesto de JUAN GRACIANO al dotar con su dinero a BENEDICTO IX para forzarlo a la abdicación fue tan bien visto por los elementos más influyentes de la Iglesia que el rico arcipreste fue elegido para suceder al abdicado pontífice. GRACIANO toma el nombre de GREGORIO VI (5.5.1045 – 20.12.1046) y su elevación al solio pontificio fue saludado con alborozo por hombres tan santos como Pedro DAMIÁN.

Las ideas reformadoras de GREGORIO VI no pueden, sin embargo, ser desarrolladas al no contar con el necesario apoyo de ENRIQUE III quien, partidario también de la necesidad de reformar la Iglesia, no considera a GREGORIO como el papa ejemplar para llevarla a cabo. Esta desconfianza de ENRIQUE III hacia GREGORIO, unida al hecho de que BENEDICTO IX trata de recuperar el solio pontificio y que SILVESTRE III no ha renunciado tampoco, de forma explícita, decide el rey alemán, incitado por Odilón de Cluny y por el eremita Guntero, a convocar un sínodo en Sutri, en la fecha, y otro en Roma seis días después, valiéndose de los poderes que le atribuía el Privilegium Othonis, en ellos depone a BENEDICTO IX -aunque éste ya había renunciado- y a SILVESTRE III, al que encierra en un monasterio, y, por otra parte, obliga a abdicar a GREGORIO VI quien es desterrado a Colonia acompañado del clérigo Hildebrando, futuro Gregorio VII.

Al abdicar Gregorio VI, aprovecha la ocasión BENEDICTO IX para volver sobre su abdicación y proclamarse nuevamente papa, al tiempo que el antiguo antipapa SIVESTRE III, promovido por los CRESCENCIO, reclama para sí la silla de Pedro. Ante tal confusión, y reclamado por los elementos más sanos de la Iglesia, el nuevo emperador ENRIQUE III el Negro, convoca, para la fecha, un sínodo en Sutri, al norte de Roma, y en él se decide que BENEDICTO IX, aunque papa legítimo, ya ha abdicado, y que SILVESTRE III nunca ha sido legítimo, por lo que ambos son depuestos definitivamente. SILVESTRE III es encerrado en un monasterio.

CLEMENTE II -papa- (24.12.1046 – 9.10.1047). Es Suidgero, obispo alemán de Bamberg. Hombre de gran santidad. Nombrado por el emperador, único poder capaz de poner orden en una Iglesia desgarrada por las ambiciones y los odios de la nobleza romana, es aceptado por el clero y el pueblo romano. Toma el nombre de Clemente como prueba de que desea buscar su inspiración en el cristianismo primitivo. De inmediato, corona emperador a ENRIQUE III y a su esposa Inés. CLEMENTE II, contando con el total apoyo de ENRIQUE III, consagrará sus esfuerzos a erradicar la simonía de la Iglesia, así como a la reforma de las costumbres, según los postulados de Cluny. Con CLEMENTE II empieza una serie de papas alemanes todos amantes de la reforma de la Iglesia que prepararán el pontificado de Gregorio VII. El nombramiento de CLEMENTE revela, además, otro cambio: prácticamente hasta este momento, únicamente sacerdotes, diáconos o laicos son elegidos obispos de Roma, porque una antigua tradición estipula que los obispos no se muevan de su sede original a otra distinta. Pero Clemente es obispo de Bamberg.