Durante estos años, junto al esplendor fugaz de las cortes de los reyezuelos taifas, donde se bebe en abundancia el vino tan prohibido por el Corán, destaca, en poderoso claroscuro, el colectivo de los alfaquies, es decir, el clero musulmán. Aquellos varones severos se escandalizan de la decadencia de las buenas costumbres, de las fiestas, de las chanzas, y hasta de los poetas que en lugar de componer obras edificantes dedican su arte a pergeñar poemas de amor o a recitarlos en los festines cortesanos a la luz de la luna. El clero musulmán ve, por otra parte, desvanecerse su poder e influencia a medida que la sociedad se vuelve menos observante de los preceptos coránicos y más laica. Por el contrario, este clero, había quedado impresionado de la acendrada fe demostrada por los fanáticos almorávides.

En 1090 Yusuf ibn Tashufin desembarca en al-Ándalus por tercera vez. Yusuf ibn Tashufin declara la guerra a Sevilla y al resto de Taifas andaluces, por su impiedad y costumbres anticoránicas, para lo cual, después de cruzar el Estrecho y conquistar Tarifa (noviembre de 1090), asciende por el valle del Guadalquivir deponiendo a los emires considerados traidores al islam. También es depuesto Abd-allah de Granada. Yusuf ibn Tashufin (1090-1106), primer rey almorávide intenta de nuevo unificar al-Ándalus.

Pese a la amenaza que representa la invasión de los almorávides, BERENGUER RAMON II se integra en el pacto promovido por ALFONSO VI de Castilla y en el que participa también SANCHO I RAMÍREZ de Aragón. De acuerdo con el mismo, el rey castellano atacará Valencia y los del conde de Barcelona y aragoneses se lanzarán contra Tortosa. Pero ambos intentos resultan un fracaso.

El CID que se dedica a rehacer su dominio sobre el litoral valenciano, tiene que interrumpir su guerras, porque la reina Constanza le escribe en 1091, deseando reconciliarle con ALFONSO VI. El CID acude a formar parte de una expedición que contra los almorávides de Granada dirige el rey; pero éste le despide receloso e implacable. El CID vuelve a persistir en la conquista de Valencia.

Sevilla es tomada por los almorávides el 7 de diciembre de 1091. Al-Mutámid, que combate con gran valor, cae prisionero y es enviado encadenado a África, donde vivirá en pobreza sus últimos años y morirá en Agamat. También Córdoba, por las mismas fechas sucumbe ante el poderío almorávide, defendida hasta el último extremo por Faths al-Mamún, hijo de al-Mutámid, que muere en el intento. Después de liquidado el reino sevillano, los almorávides se dirigen a la costa mediterránea para terminar la conquista del sur de la Península conquistando Almería en el mismo mes que cae sin resistencia después de que su rey, Ahmad Mui al-Dawla, emprenda con toda precipitación la fuga. Durante medio siglo, al-Ándalus quedará incorporada a un imperio almorávide, que abarca desde Zaragoza (única ciudad de al-Ándalus que no controlan) al río Níger y desde Lisboa a los arenales de Libia. Los rigurosos guerreros del velo son bien recibidos por el clero y por el pueblo bajo, a los unos porque les devuelve el poder y la importancia social, a los otros porque bajaba los humos y la ostentación de la opulenta y regalada aristocracia andalusí.

Estalla una revuelta popular proalmorávide en torno al cadí Ibn Yahaf. Acudiendo en ayuda de Al-Qádir, que ha sido depuesto por una sublevación republicana con apoyo almorávide, El CID acude a Valencia, atacándola desde Mestalla, Alcúdia y Villanueva. La ciudad no piensa en resistirse y capitula, en la fecha, tomando el CID posesion de ella. El CAMPEADOR, ante el asesinato de Al-Qadir a manos de los almorávides, instaura su propio régimen, de rasgos originales, sobre todo en el respeto absoluto a las creencias de los musulmanes, base del entendimiento entre ambas religiones.

En las zonas de Badajoz y Lisboa los almorávides ganan terreno y RAIMUNDO de Borgoña pierde la ciudad de Lisboa.

La Taifa de Tortosa es ocupada por los almorávides. Su intento de dirigirse hacia el norte es detenido gracias a que, poco tiempo antes, había sido fortificado el castillo de Amposta. De todas maneras, ERMENGOL V de Urgell muere en lucha contra los almorávides, creando una situación muy peligrosa en poniente.

YUSUF IBN TASHUFIN ataca Valencia. Esta ciudad, una vez muerto el CID en 1099, es defendida durante casi tres años contra los ataques de los almorávides, por Dª JIMENA, esposa del CID y sobrina del rey, llamando finalmente en socorro de Valencia al propio ALFONSO VI, quien no viéndose con fuerzas para conservar la conquista del CID, abandona Valencia -en la fecha- que vuelve a manos de los almorávides. El rey se lleva el cadáver del conquistador para darle sepultura en el monasterio de S. Pedro de Cardeña (Burgos).

ALÍ IBN YUSUF IBN TASHUFIN, soberano almorávide (1106-1143), hijo de Yusuf ibn Tasfin y de una esclava cristiana, derrota, en la fecha, a ALFONSO VI, rey de León y Castilla, en Uclés (Cuenca). Se pierden Huete, Ocaña y Cuenca, y el mismo Toledo se ve amenazado. Fallece en esta batalla el infante SANCHO, único hijo y heredero, por tanto, de ALFONSO VI.