A Francisco II de Francia, le sucede (1560-1574) su hermano menor CARLOS IX -de diez años de edad- bajo la regencia de su madre CATALINA de Médici. La Reforma se extiende por Francia. La gran mayoría de la población sigue siendo católica, pero una minoría fuerte se convierte al calvinismo. A los calvinistas franceses se les llama «hugonotes» (el origen de esta denominación es incierto), y desde el primer momento son objeto de persecución. Aun así, un elevado porcentaje de la nobleza se une a los hugonotes. El más importante de ellos, el almirante Gaspard de Coligny, piensa responder a la persecución fundando una colonia en la costa americana. Allí los hugonotes podrán practicar su religión libremente. (Éste es el primer intento de utilizar el continente americano como refugio de la persecución religiosa.)

En 1567, se produce un nuevo estallido de la guerra de los hugonotes en Francia, después del fracasado intento de éstos por secuestrar al rey CARLOS IX.

Las revueltas religiosas continúan en suelo francés. Las bandas armadas recorren aldeas, burgos y ciudades, sucediéndose los atropellos, saqueos, crímenes y violaciones. En 1570, se firma la Paz de St Germain con la que se pretende alcanzar la reconciliación entre católicos y hugonotes, concediendo a estos el libre ejercicio de su religión y como plazas de seguridad determinadas ciudades, por ejemplo, La Rochela. Por otra parte, el duque ENRIQUE de Navarra, tercer hijo del fallecido ANTONIO de Borbón y JUANA de Albret de Navarra acaudilla el partido hugonote durante las guerras religiosas. Para frenar la iniciativa protestante, se ofrece en matrimonio al líder hugonote (calvinista), la mano de Margarita de Valois -la famosa reina Margot-, hermana del rey CARLOS IX.

El rey de Francia, CARLOS IX, contrae matrimonio con ISABEL, hija como la reina de España ANA, del emperador MAXIMILIANO II.

En el verano de 1572 todo está dispuesto para celebrar en París la boda del protestante ENRIQUE de Navarra con MARGARITA de Valois, hermana del rey CARLOS IX de Francia. Protestantes y católicos de todas partes se juntan allí para presenciar los grandes festejos de rigor. Por otra parte, se concede libertad a hugonotes en diversas ciudades francesas.

En París (Francia), los hugonotes, con GASPAR de Coligny al frente, están alcanzando cotas de poder preocupantes para la monarquía católica. La concentración en París de numerosas figuras de este partido político-religioso con motivo de la boda de ENRIQUE de Navarra, el futuro Enrique IV de Francia, con MARGARITA de Valois da ocasión a la reina madre CATALINA de Médici, que está preocupada por el ascendiente que GASPAR de Coligny está logrando sobre CARLOS IX, el joven rey de Francia, para ordenar el asesinato de los líderes hugonotes.

En París, hacia las tres de la madrugada del 24.8.1572, día de S. Bartolomé, los católicos ENRIQUE I de Guisa, el duque de Aumale y el bastardo de Angulema van con espadachines a la residencia del almirante GASPAR de Coligny, jefe de los hugonotes. Allí asesinan a toda su familia y a él lo apuñalan y lo arrojan por la ventana. Las campanas de Saint Germain dan la señal para el comienzo de una tan atroz como injustificada matanza de hugonotes. Es la “Noche de San Bartolomé”. De todas partes sale gente a la calle. Entran violentamente en las casas donde se encuentran hugonotes y los degüellan, los estrangulan o los matan a tiros. Las estrechas plazas y callejas están llenas de ruido de muerte, gritos de auxilio y estallidos de disparos. El drama se extiende rápidamente. En un balcón del palacio de Louvre se ve a CARLOS IX rodeado de sus amigos de Guisa disparando mosquete tras mosquete sobre los hugonotes que huyen a la sombra del palacio real, como si se tratara de una cacería…. Enrique de Navarra salva la vida porque se apresura a anunciar su conversión al catolicismo.

Fallece CARLOS IX, rey de Francia.