Una provisión de Fernando el Católico confiere a Diego COLÓN, hijo del descubridor, la gobernación de las Indias, no el virreinato.

La ambición de Diego -el hijo de Colón- y el esplendoroso ambiente que se da levantan las sospechas de la corona, dando por resultado que, en 1511 la corona establece la Audiencia, una nueva institución política con las intenciones de limitar el poder del gobernador. La primera audiencia es simplemente un tribunal compuesto por tres jueces cuya jurisdición se extiende hacia todas las Antillas; constituye la más alta corte de apelación. La institución de la audiencia se esparce, eventualmente, por toda la América Española.

Retirados los restos de Cristóbal Colón de la catedral de Santo Domingo para trasladarlos a Cuba, en virtud de los acuerdos de Basilea que cedían la isla a Francia. A partir de ese momento se creara gran confusión sobre el paradero real de los mismos, pues muchos sostienen que en realidad tal traslado no se produjo.

Se provoca una controversia sobre el destino final de los restos de Cristóbal Colón al aparecer, en la fecha, en la Catedral de Santo Domingo, una caja de plomo con una inscripción donde se lee “Varón ilustre y distinguido Cristóbal Colón”, conteniendo fragmentos de huesos. Esos restos permanecerán en la catedral de Santo Domingo, hasta el año 1992, año en el que serán trasladados al “Faro a Colón”, un monumento faraónico construido por el gobierno dominicano para conservar los restos que se suponen también de Colón. Al parecer en el momento de exhumar el cuerpo de la catedral de Santo Domingo, no estuvo muy claro cuál era exactamente la tumba de Cristóbal Colón, debido al mal estado de las tumbas, con lo que resulta al menos probable que sólo se recogieran parte de los huesos, quedando la otra parte en la catedral de Santo Domingo.

En este año se formula por el historiador peruano Luis Ulloa, la teoría según la cual Cristobal COLÓN era de origen catalán y había luchado contra JUAN II en la Guerra Civil. Diversos historiadores han retomado esta teoría, dotando al almirante de origenes locales diversos. La documentación genovesa, sin embargo, parece desmentirlo.

El 1 de agosto de 2006 el equipo de investigación dirigido por José Antonio Lorente, médico forense y director del Laboratorio de Identificación Genética de la Universidad de Granada, que estudia los huesos atribuidos al almirante que están en la catedral de Sevilla desde 1898 confirma que sí son los de Cristóbal Colón. Según los estudios de ADN se determina que Cristóbal Colón era varón, de entre 50 y 70 años, sin marcas de patología, sin osteoporosis y con alguna caries. Mediterráneo, medianamente robusto y de talla mediana. Todavía se espera que las autoridades de la República Dominicana permitan el estudio de los restos atribuidos al almirante, que están en ese país, lo cual permitiría completar la historia en torno a esta cuestión. Pero este estudio ya no es determinante para la identificación de los restos de Cristóbal Colón. Se estima que pueda haber restos en otros lugares ya que los que hay en la capital andaluza no llegan al 15% de la totalidad del esqueleto por lo que podría resultar que los que están en Santo Domingo también correspondan al descubridor de América.