GREGORIO IX -papa- (21.3.1227-22.8.1241). Se trata del cardenal Hugo de Ostia que aunque cuenta en ese momento con ya más de ochenta y cinco años, su pontificado se extenderá durante otros catorce años. Sobrino de Inocencio III, es un hombre de carácter enérgico y aunque mantendrá al principio una relación amistosa con el emperador FEDERICO II, acabará perdiendo la paciencia con él porque siempre estará encontrando una excusa para no marchar a las cruzadas. El cardenal Hugo ha sido elegido papa tras renunciar a la tiara el cardenal Conrado de Urach que ha sido elegido como primera opción.

El nuevo Papa -GREGORIO IX- se parece más a su antepredecesor, Inocencio III, que a su predecesor, Honorio III, y el emperador FEDERICO II se da cuenta enseguida de que no podrá engañarle ni burlarse de él, por lo que decide iniciar la prometida Cruzada. Sin embargo, pocos días después de haber zarpado de Brindisi, regresa, con todas su naves, al puerto de Otranto, en el sur de Italia, alegando que ha enfermado de fiebres. ¿Es otro truco? ¿Es verdad?. En cualquier caso, GREGORIO IX, harto ya de dilaciones, en la fecha, le excomulga.

GREGORIO IX excomulga por segunda vez a FEDERICO II.

FEDERICO II para mostrar al mundo entero que el Papa GREGORIO IX se ha equivocado con él, emprende, en la fecha, la sexta Cruzada, excomulgado y todo… y aunque la cruzada ha de favorecer los intereses del papado, su encarnizado rival, pero en modo alguno los suyos. Pero la excomunión es un arma terrible en manos de los papas. GREGORIO IX no responde con la absolución de FEDERICO, sino que declara que las acciones del emperador en Tierra Santa no pueden calificarse como guerra santa al continuar excomulgado, y procede a liberar a los cruzados del voto de obediencia al emperador, quien se ve obligado a regresar al conocer que el Papa, junto a la Liga Lombarda, está invadiendo su reino de Sicilia.

Uno de los primeros actos del papa GREGORIO IX es canonizar a FRANCISCO de Asís apenas dos años después de su muerte. La canonización se celebra con toda solemnidad, en la fecha, en la explanada delante de la iglesia de San Jorge (actual Plaza de Santa Clara), donde el santo ha sido sepultado provisionalmente menos de dos años antes.

Es anulado, en la fecha, el matrimonio entre JAIME I y LEONOR de Castilla. El matrimonio es anulado por el Papa Gregorio IX a petición de su esposo, que alegó impedimento de parentesco.

El éxito de FEDERICO II en Tierra Santa no apacigua al Papa GREGORIO IX que, en su ausencia, invade Dos Sicilias. Pero Rainaldo de Espoleto, vicario imperial, invade el Patrimonio de San Pedro. FEDERICO II, confiando la regencia de Jerusalén a Balian d’Ibelin, Señor de Sidón, regresa a Europa y expulsa a las tropas papales de la Italia inferior derrotando completamente entre uno y otro a las tropas pontificias. Para fortalecer su poder en el Este envía a san Juan de Acre a Ricardo Filagieri, mariscal del Imperio, a quien nombra baile (guardián) del reino. El nuevo regente combatirá la influencia de los ibelinos y tratará de asegurar la posesión de la isla de Chipre, pero el reino será conquistado y tendrá que contentarse con colocar una guarnición imperial en Tiro (1232).

Federico II Hohenstaufen, emperador ex comulgado de Alemania, desembarca en Brindisi. Marchando hacia Roma, obtendrá la absolución del papa Gregorio IX en la Paz de San Germano.

Tras desembarcar en Brindisi, FEDERICO II logra derrotar a las fuerzas pontificias y lombardas en Cortenuova expulsándolas de los territorios imperiales y firmando, en la fecha, la Paz de San Germán por la que a cambio de que el Papa revoque su excomunión -cosa que hizo en el mes de agosto- , el emperador asegura a la Iglesia sus posesiones territoriales. FEDERICO no cumplirá las cláusulas del tratado de paz y la guerra se reanudará.

El papa GREGORIO IX, publica una bula de excomunión “Excommunicamus”, para todos los herejes en la que decreta que es justo que la Iglesia apoye los derechos del Estado de infligir la pena capital por la grave amenaza que los herejes representan para su propia existencia. En este mismo año, GREGORIO IX, siguiendo lo instruido en el Concilio de Narbona (1229), decreta también, que los cátaros, patarenos y otros pueden ser entregados por la Iglesia a los jueces seculares, después de fallada su culpabilidad, ordenándose a los católicos bajo pena de excomunión que denuncien a los herejes o sus reuniones clandestinas e incluso que señalen a aquellos cuyos hábitos de vida son distintos de los de sus vecinos. Asimismo, ordena a las Jerarquias la publicación de sus decretos referentes a los herejes y que traten de inducir a las autoridades civiles locales que lleven a efecto los mandatos imperiales. Esta inquisición, la inquisición pontificia, estará dirigida directamente por el Papa y funcionará sobre todo en el sur de Francia y en el norte de Italia. En España, existirá en la Corona de Aragón desde 1249, pero no en la de Castilla..