Aunque el Papa JULIO III está muy lejos de ser partidario del emperador, demuestra inmediatamente que está dispuesto a seguir la política imperial. Vuelve a trasladar el Concilio de Bolonia a Trento, el 1 de mayo de 1551. El emperador no hubiese admitido otra sede, y el papa, cuyo carácter no es precisamente enérgico, le teme lo suficiente como para no osar contravenir sus deseos. En esta segunda fase se promulgarán importantes decretos sobre la Sagrada Eucaristía, el Sacramento de la Penitencia y el de la Extremaunción, y se tomarán medidas para la reforma del clero. Las negociaciones con los protestantes no progresarán en absoluto, puesto que ambas partes mantienen opiniones totalmente irreconciliables.  Los obispos y demás representantes franceses no acuden a la cita, pues no se lo permite su nuevo rey, ENRIQUE II.

Duodécima sesión del Concilio de Trento.

Decimotercera sesión del concilio de Trento, en la que se trata de la Santísima Eucaristía y de la reforma de la jurisdicción episcopal y de la supervisión de los obispos.

Decimocuarta sesión del concilio de Trento. Doctrina y cánones sobre los sacramentos de la penitencia y de la extremaunción.

Decimoquinta sesión del Concilio de Trento en la que no se toma ningún acuerdo.

Rebelión de los príncipes alemanes bajo el elector MAURICIO de Sajonia que se apoderan de Augusta y escinden el Concilio de Trento. Los franceses toman Verdún, Lorena y Metz. Así, pues, los efectos de la victoria del ejército imperial sobre los protestantes de JUAN FEDERICO en 1547, duraron poco. Tratado de Chambord en el año 1552 entre los príncipes alemanes y ENRIQUE II de Francia.

Decimosexta sesión del Concilio de Trento. El Concilio de Trento, queda suspendido de nuevo durante diez años.

A causa de la resistencia de FERNANDO I y de CATALINA de Médicis no puede reanudarse hasta la fecha la tercera etapa del Concilio de Trento, con su sesión XVII. Sobre el papel, se han eliminado gran número de abusos y una comisión de cardenales se encarga de supervisar la puesta en práctica de los decretos conciliares. Como diría más tarde el gran historiador alemán Ranke, «el Concilio de Trento, tan violentamente exigido, tanto tiempo evitado e interrumpido, dos veces disuelto, sacudido por tantas tormentas mundanas, había logrado, finalmente, la unión del mundo católico». Y es que a FERNANDO I de Austria, como le sucediera antes a Carlos V, le conviene, más que un concilio condenatorio de las doctrinas luteranas seguidas por un elevado número de sus súbditos, unas asambleas coloquiales de entendimiento y pacto consensual; algo similar pretende CATALINA de Médicis, en cuyo reino va tomando crecido auge el movimiento protestante.

Sesión XVIII del Concilio de Trento. Necesidad de una lista de libros prohibidos.

Sesión XIX del Concilio de Trento.