A pesar del apoyo que el papa ha brindado a OTÓN IV, éste pronto se descubre como temible enemigo de Roma, ya que a pesar de haber jurado reconocer los derechos del Papa a la independencia de Sicilia, feudo pontificio, no lo hace. INOCENCIO III, en la fecha, tiene que excomulgar a OTÓN IV, por romper su juramento.

INOCENCIO III uniendo a su autoridad espiritual sus notables dotes diplomáticas y políticas, logra los apoyos suficientes para liberarse del cerco que le tiende OTÓN IV. El Emperador, abandonado por sus aliados italianos, se ve obligado a evacuar Sicilia y retirarse al otro lado de los Alpes.

Nace en Sicilia el único hijo de FEDERICO y su esposa Constanza de Aragón, ENRIQUE de Hohenstaufen, que llegará a ser rey de los romanos y de Sicilia.

Cuando Federico pretende la corona de Rey de Romanos, corona a su hijo Enrique como Rey de las Dos Sicilias en febrero de 1212. En virtud de un acuerdo con el Papa Inocencio III se afirma que los reinos de Alemania y Sicilia no tendrán el mismo gobernante. Sin embargo, a la muerte del Papa (1216), Federico reclamará a Enrique y asumirá de nuevo el título real siciliano.

En 1216, tras un conflicto prolongado, el emperador OTÓN IV, rey de Alemania, se ve obligado a abdicar y FEDERICO II, hijo de Enrique VI, ahora con veinte años, es coronado rey de Alemania en Aquisgrán a la vez que es rey de Sicilia.

HONORIO III -papa- (24.7.1216-18.3.1227). Se trata de Cencio Savelli. El papa HONORIO III ha sido tutor del joven FEDERICO, hijo de Enrique VI, y está deseoso de coronarle emperador y permitirle que unifique Sicilia y el sur de Italia con el Imperio. De momento le anima a marchar a las cruzadas.

FEDERICO, promete de nuevo al papa HONORIO III que participará en una nueva Cruzada, pero con una condición: antes tiene que ser coronado emperador. Así, pues, en la fecha, FEDERICO II es coronado emperador de manos del Papa HONORIO III, convirtiéndose de este modo en FEDERICO II Hohenstaufen, Emperador del Sacro Imperio Romano-germánico, (1220-1250). FEDERICO II Hohenstaufen cambia el sitio de su gobierno hacia Nápoles  y Sicilia, en ese entonces conocidas como el Reino de las Dos Sicilias. FEDERICO quiere expandir el Sacro Imperio Romano (que ya incluye la Alemania moderna, Países Bajos, Austria y Suiza y partes de Francia) para que abarque toda Italia, mudar la capital a Roma y conseguir toda la gloria del antiguo Imperio Romano. Pero su ambición lo llevará a un conflicto directo (y a veces hasta la guerra) con la Iglesia, la cual reclama gran parte del territorio de Italia para sí misma. La tensión entre el emperador y la Iglesia persistirá por varios papados. De hecho FEDERICO ha prometido en diversas ocasiones no juntar el reino de Sicilia con el de Alemania en una sola mano, para salvaguardar la libertad de la Iglesia, pero no cumple lo prometido.

ENRIQUE, hijo de FEDERICO II, es elegido por los príncipes alemanes como Rey de Romanos, siendo coronado, al mismo tiempo que su padre. FEDERICO II se compromete a condonar la deuda pontificia, renunciar a la condición de legado apostólico en el Reino de Sicilia, socorrer al Imperio Latino de Constantinopla y embarcarse en una cruzada hacia Tierra Santa, para recuperar los Santos Lugares. Sin embargo, el Papa HONORIO III no reconoce la elección y priva a ENRIQUE de sus derechos sobre el reino de Sicilia, para prevenir la unión de los reinos de Alemania y Sicilia. ENRIQUE, con 9 años de edad, es puesto bajo la tutela de ENGELBERTO I, arzobispo de Colonia.

La gran amabilidad del Papa HONORIO III, evita el choque con FEDERICO II durante un cierto tiempo, pero pronto se verá defraudado. FEDERICO ha prometido tomar parte en la que debe ser la Quinta Cruzada, dirigida por el Cardenal PELAGIO, pero no cumple su promesa. Y es que FEDERICO no ha formulado esta promesa de corazón. Amante de la soleada -y desde muchos puntos de vista refinada- Italia, su deseo es ampliar su dominio en la península y no embarcarse en peligrosas aventuras en Oriente Medio. FEDERICO II, aunque Hohenstaufen por línea paterna, es más normando-italiano que germano, y por ello, dedica toda su atención a Sicilia, dónde se rodea de una corte de poetas, filósofos y hombres de ciencia, despertando los intereses espirituales, culturales y científicos de la época.

Al morir Engelberto -tutor de Enrique- en 1225, las relaciones entre FEDERICO II y su hijo ENRIQUE  se empiezan a deteriorar, y el duque de Baviera, Luis I, se encarga de la tutela del Rey de Romanos. En noviembre de 1225, ENRIQUE se casa en Núremberg, por disposición de su padre, con Margarita, hija del duque de Austria Leopoldo VI. De esta unión nacerán dos hijos: Enrique y Federico.