Al mismo tiempo que los almohades, los cruzados salen de Toledo en dirección a al-Ándalus. Los cristianos salen de Toledo, divididos en tres cuerpos: delante los cruzados europeos a las órdenes de DIEGO LÓPEZ de Haro, en el centro los catalanes y aragoneses de PEDRO II de Aragón a quien acompañan Berenguer, obispo de Barcelona; García, obispo de Tarazona; el conde de Empuriès y varios nobles. Detrás SANCHO VII el Fuerte, de Navarra, y ALFONSO VIII con las tropas castellanas. También ALFONSO II el Gordo, rey de Portugal, (yerno del rey Alfonso VIII), participa aportando una pequeña tropa, ya que se encuentra en plena guerra civil. Así, también, obispos, órdenes militares y fuerzas extranjeras. En total el ejército cristiano debe alcanzar la cifra de 180.000 combatientes.

Las desavenencias con Castilla no impiden que, por motivos religiosos, las fuerzas de SANCHO VII de Navarra tomen parte en la batalla de las Navas de forma decisiva. Al ser las primeras que rompen la defensa de la guardia personal de “Miramamolín”, formada por negros encadenados, le harán pasar a la historia con el sobrenombre de el Fuerte e introducirá aquellas cadenas en el escudo de Navarra.

En 1200 las fronteras de Vasconia con Navarra quedan establecidas definitivamente y hay un contacto por tierra con Gascuña, facilitando las comunicaciones. Una amplia fachada marítima, desde la desembocadura del Nervión hasta el Bidasoa permite el desarrollo de algunos puertos: Bermeo, Lequeitio, Guetaria, Zumaya, San Sebastián, Fuenterrabía, que se destacan, por su modo de vida y actividades económicas, del interior agrícola, ganadero, de estructuras familiares más arcaicas.

El rey de Navarra SANCHO VII, retirado en Tudela viejo y sin hijos, concibe, como medio de prever el expansionismo de FERNANDO III, rey de Castilla y León, su proyecto de incorporación del reino navarro al conjunto de estados de la Corona de Aragón. Por eso, coincidiendo en sus deseos, se reúnen en Tudela, en la fecha, SANCHO VII de Navarra y JAIME I de Aragón y acuerdan su muto prohijamiento (adopción) y la designación recíproca como herederos de sus reinos. Se conoce como el Tratado de Tudela y la firma del mismo representa prácticamente la entrega de Navarra en herencia a JAIME I. La diferencia de edad entre ambos monarcas, SANCHO tiene 78 años y no tiene ningún descendiente directo y JAIME I 24, así lo evidencia. SANCHO VII quiere que el rey aragonés le ayude a defenderse contra una inminente invasión castellana. Finalmente, sin embargo, este pacto no se llegará a concretar nunca, a causa de la firme oposición de Castilla, de Francia, de la Santa Sede y de una buena parte de los mismos navarros.

Habiendo fallecido el rey Sancho VII el Fuerte sin sucesión legítima, el reino de Navarra es heredado por TEOBALDO I el Trovador (1234-1253) conde de Champaña, hijo de su hermana BLANCA casada con Teobaldo III asimismo conde de Champaña. JAIME I -en cumplimiento de su acuerdo con el fallecido Sancho VII en 1231- ocupa diversos territorios navarros, pero pronto se ve obligado a renunciar a sus pretensiones ya que los nobles navarros le retiran su juramento de fidelidad. JAIME I debe ceder el Reino de Navarra a TEOBALDO I de Champaña, conformándose con recobrar cuatro castillos embargados por Sancho VII. En la fecha, se firman los acuerdos correspondientes.

La casa de Champagne se introduce en Navarra a la muerte de Sancho VII el Fuerte: Teobaldo I el Trovador jura los fueros como rey, elegido por la nobleza navarra, que no quería que se cumplieran los acuerdos previos entre Jaime I el Conquistador de la Corona de Aragón y Sancho VII por los que Navarra debía pasar a la Corona de Aragón.

TEOBALDO I de Navarra firma un acuerdo de paz con FERNANDO III de Castilla.

El Santo Tribunal de la Inquisición se ha establecido en Navarra hacia mediados del siglo XIII, y en abril de 1248, INOCENCIO IV elige para inquisidores de este reino a un franciscano y a un dominico.

La situación en Navarra después de la muerte de su rey Teobaldo I, induce a ALFONSO X de Castilla a alegar supuestos derechos al trono navarro. Ante esta situación, y debiendo ausentarse TEOBALDO II de Navarra -todavía menor de edad- para tomar posesión del condado de Champagne, su madre MARGARITA de Borbón, pide a JAIME I de Aragón que defienda a su hijo. JAIME I , valiente pero poco hábil en la diplomacia, reincide en un nuevo tratado similar al que había firmado años antes con Sancho VII. En efecto, se firma en Tudela, entre MARGARITA de Borbón y el infante ALFONSO, primogénito de JAIME I, un tratado para ayuda ofensiva y defensiva, visto que seguían vigentes las pretensiones expansionistas castellanas, protagonizadas ahora por ALFONSO X el Sabio, hijo y sucesor de Fernando III.

La enemistad que puede existir entre ALFONSO X de Castilla y JAIME I por sus respectivas actuaciones en Navarra queda zanjada en una reunión que, en la fecha, mantienen en Soria.