La unión y reconciliación entre los obispos de Alejandría y Antioquía aprobada en 433, deja insatisfechos a los extremistas de los dos partidos. Así, en la fecha, aparece una nueva doctrina -monofisismo (de “monos”=una y “fisis”=naturaleza)-, opuesta a la de NESTORIO y defendida por el archimandrita EUTIQUES, que afirma en Cristo la presencia de solamente la naturaleza divina que habría absorbido a la humana. Según esta doctrina es imposible que Jesucristo haya padecido y muerto por nosotros, pues no ha tenido un cuerpo humano como el nuestro, sino sólo una apariencia humana fantasmal. Durante las controversias religiosas que surgirán, la Iglesia egipcia se inclinará por el monofisismo quedando aislada del resto de la cristiandad.

TEODOSIO II asume la defensa de EUTIQUES -padre del monofisismo, también llamado eutiquianismo- y convoca -contra la voluntad del papa- un Concilio en Efeso (Asia Menor) al que invita casi exclusivamente a los partidarios de EUTIQUES y al Obispo de Roma. Participan 130 obispos. El papa LEON I envía sus legados quienes tienen el encargo de presidir la asamblea y de dar a conocer la carta en la cual el papa expone claramente la doctrina ortodoxa sobre la encarnación ya aprobada. DIÓSCORO de Alejandría, sucesor de Cirilo, que lleva una muchedumbre de monjes vocingleros, no permite que se lea la comunicación papal –ya que, entre otras razones, los representantes del obispo de Roma no saben griego- y retiene para sí la presidencia del Concilio. El Concilio da la razón a EUTIQUES -que es rehabilitado y su teoría declarada como ortodoxa- en medio de gran confusión y hasta violencia física, que cuesta la vida a FLAVIANO, obispo de Constantinopla. Cuando el papa LEÓN I se entera de lo ocurrido, declara, indignado, nulo el Sínodo negando toda validez al concilio, y escribe una carta a la emperatriz Pulqueria en la que lo califica de “latrocinio”. (Como el “latrocinio de Éfeso” pasará a la historias).

Muere el emperador del Imperio romano de Oriente, TEODOSIO II, a causa de una caída del caballo. El monofisimo pierde su más importante valedor. Es nombrado nuevo emperador, MARCIANO (450-457) por su casamiento con PULQUERIA. Ésta se ha casado con MARCIANO con la expresa condición de mantener su virginidad, que por voto ha ofrecido a Dios desde la niñez. PULQUERIA protegerá a la Iglesia. Es venerada entre los santos de la Iglesia griega.

Habiendo sido detenido el empuje de los hunos de ATILA, la emperatriz PULQUERIA influye para que el emperador MARCIANO convoque ahora un nuevo Concilio Ecuménico. En efecto, el Concilio se reúne en Oriente, en Calcedonia (IV Concilio Ecuménico) a orillas del Bósforo. El Papa LEÓN I es invitado a que presida el Concilio. LEÓN I no puede desplazarse por la invasión de los hunos. El obispo de Roma envía tres legados. Es la primera vez que el obispo de Roma preside un concilio ecuménico. Más tarde se convertirá en la condición requerida para que un concilio sea reconocido como ecuménico. La carta del papa LEÓN I, traza claramente y para siempre, la doctrina ortodoxa: “Creemos firmemente en un Cristo único, en el cual hay dos naturalezas, no confundidas, no transformadas, no divididas, porque la unión de las naturalezas no ha quitado la diferencia en cuanto que cada una de ellas ha conservado sus respectivas propiedades y se ha unido con la otra en una única Persona y en una única hipóstasis”. Los padres conciliares saludan las conclusiones proclamando: “¡Ésta es la fe de nuestros padres!” “¡Pedro ha hablado por boca de León!”

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El Concilio Ecuménico de Calcedonia, que finaliza en la fecha, será famoso no sólo por las importantísimas decisiones dogmáticas tomadas, sino también, por la cantidad de sus participantes: 630 obispos -cifra que no se superará hasta 1870 (Concilio Vaticano I)- lo que da una idea del gran interés que ha suscitado. Este Concilio invalida el de Éfeso de 8/449 y condena definitivamente las doctrinas del monofisismo de EUTIQUES formulando el dogma de las dos naturalezas en Cristo y deponiendo a DIÓSCORO, obispo de Alejandría. Quedan, pues, aceptadas definitivamente las tesis de LEÓN Magno. No todos los monofisitas aceptan las decisiones del Concilio de Calcedonia. Por otra parte, el Concilio de Calcedonia somete a los monjes a la vigilancia de los obispos. Esta disposición se repetirá en algunos sínodos posteriores, v. gr., en el de Aquisgrán (802). El emperador MARCIANO aprueba todas las decisiones conciliares. El Papa reconoce solamente las decisiones dogmáticas.

A pesar de su equilibrada formulación, el Concilio Ecuménico de Calcedonia no trae la paz. Y es que se toman algunas disposiciones disciplinarias con las que LEÓN I no está de acuerdo, Así, el canon 28 deja establecidas las cuatro circunscripciones orientales de Constantinopla, Antioquía, Jerusalén y Alejandría, a las que se añade la de Roma en Occidente. Estos son los cinco patriarcados que recibirán posteriormente -en 550- una existencia jurídica bajo Justiniano. A veces se hablará de “pentarquía” (gobierno de cinco). Constantinopla, tiene el mismo rango que Roma, lo que es inceptable por el papa LEÓN I, provocando el retraso de su adhesión a las decisiones finales del concilio. Posteriormente aceptará la postura doctrinal del concilio y se convertirá en uno de sus grandes valedores, pero seguirá rechazando el canon 28. Como es obvio, las reivindicaciones de la primacía de Roma, en los términos en que los papas han comenzado a formularla, siguen encontrando resistencia en Oriente.

El gobierno imperial de Constantinopla se encarga de imponer en sus territorios la doctrina ortodoxa (la «doctrina recta») de Calcedonia. Muchas provincias o regiones la rechazan para manifestar su independencia cultural y religiosa frente al imperialismo griego de Constantinopla. En Egipto, por fidelidad a Dióscoro y a Cirilo, los cristianos eligen el monofisismo como religión nacional de una Iglesia de lengua copta, mientras que los pocos calcedonianos se reclutan entre las minorías helenizadas cercanas al poder. Lo mismo sucede en Siria, donde el monofisismo se convierte en la religión de los cristianos de lengua siríaca (Iglesia Ortodoxa Siria o Jacobita, por Jacobo Baradeo uno de sus primeros líderes) y los calcedonianos reciben el nombre de imperiales. Los monofisitas introducen en la liturgia el credo de Nicea-Constantinopla para mostrar que son fieles a una tradición más antigua que las innovaciones de Calcedonia. Además, los enviados armenios, tampoco aceptarán la condena surgiendo la Iglesia Apostólica Armenia. La Iglesia Ortodoxa Malankara, la Iglesia copta etíope y la Iglesia copta Eritrea también seguirán doctrinas monofisitas. Otras iglesias seguirán el nestorianismo.

El emperador LEÓN I sube al trono del Imperio romano de Oriente (457-474). LEÓN I es oriundo de Tracia por lo que se inicia la llamada dinastía tracia. Sus estrechas relaciones con ASPAR, el jefe de los alanos, le permite alzarse al trono de Constantinopla. Más tarde podrá desembarazarse de Aspar y dedicarse a las tareas de gobierno personalmente. Las relaciones de LEÓN I con el papa de Roma serán bastante fluidas al reprimir enérgicamente el monofisismo. LEÓN I recibirá la corona del patriarca de Constantinopla, convirtiéndose en el primer emperador romano coronado por un dignatario eclesiástico. Es la confirmación religiosa a cargo del vicario de Dios. Con este sistema se legitimará la revuelta y destitución del soberano incompetente. Mas de una vez dicha coronación será comprada por el soberano.

El patriarca monofisita de Alejandría, TIMOTEO, se ve obligado a exiliarse.

Es coronado como nuevo emperador de Oriente, el padre de León II, ZENÓN I el Isáurico (474-491) yerno, a su vez, de León I. Intentará expulsar a los germanos? suevos de Italia y apaciguar la disputa monofisita. En 475-477 será expulsado temporalmente del trono por una insurrección.