En el año 1519, durante los meses de julio y agosto, se declara en Valencia y parte de la costa del levante español, así como en Mallorca, una epidemia de peste que provoca la huida de las autoridades y nobles al interior del reino. Los habitantes de las ciudades -que se muestran en desacuerdo con la política del rey CARLOS I ya que distribuye con largueza prebendas civiles y eclesiásticas entre el séquito de flamencos que le acompaña- aprovechan para unirse en hermandades, que reciben el nombre de Germanías. De hecho, los artesanos del Reino de Valencia adquirieron durante el reinado de Fernando el Católico el privilegio de formar milicias en caso de necesidad de lucha contra las flotas berberiscas. Esto se une a una época difícil económicamente. Su inicio es progresivo y jalonado de actos legales y de protesta, y es determinante en ello el hecho de que el pueblo tiene ese permiso real para utilizar armas con las que enfrentarse a las incursiones de los piratas berberiscos.

En Valencia, tras la huida de la nobleza, las clases medias y gremiales de la ciudad se hacen progresivamente cargo del gobierno hasta que, en la fecha establecen la Junta de los 13, formada por un representante de cada gremio, para regir la capital valenciana. El rey CARLOS I, que está en Barcelona, preparando su viaje a Aquisgrán, toma únicamente ante la revuelta, la medida de prohibir el uso de armas, prohibición que nadie tendrá en cuenta.

En Valencia, el rey intenta revocar su anterior autorización de uso de armas excitando los ánimos populares. En la fecha, cuando CARLOS I ya se ha trasladado a Alemania, el Consejo de Regencia manda al virrey don Diego Hurtado de Mendoza para restablecer la normalidad en Valencia, pero los agermanados lo echan de la capital y se hacen dueños de la situación. Las tropas realistas forman dos focos de resistencia: uno, al Norte, capitaneado por Alonso de Aragón, duque de Segorbe; otro, al Sur dirigido por el propio virrey. La sublevación se extiende por todo el reino dando inicio a la guerra de las Germanías (1520-1523).

La Junta de los 13 intenta instaurar un sistema en el que esté prohibido el trabajo libre no controlado por los gremios. Al principio, su líder es el moderado Joan Llorenç, pero éste muere en junio de 1520, con lo que entran en juego los grupos más radicales, liderados por el terciopelero Vicente Peris. En consecuencia, el movimiento sufre una radicalización progresiva, convirtiéndose en una guerra abierta y con episodios como el asalto e incendio de la morería de Valencia, a la que se acusa de colaborar con los nobles. Por otra parte, la rebelión antinobiliaria se extiende a la huerta, con saqueo de tierras y haciendas de los nobles, y a otras poblaciones y núcleos urbanos del reino, constituyéndose juntas revolucionarias.

El movimiento de las germanías tiene resonancia en el Reino de Mallorca, estallando en 1521 como consecuencia del encarcelamiento de siete menestrales. Al igual que en Valencia, se constituye una junta formada por trece personas (la Tretzena). Ésta se hace con el control de la capital y destituye al gobernador general, Miguel de Gurrea, que huye a Ibiza. Los nobles que sobreviven a la matanza que se produce en el Castillo de Bellver se refugian en Alcudia, única población que permanece fiel al Rey durante el año y medio que los agermanados dominan la isla.

Los agermanados realizan en Valencia una serie de bautismos forzosos entre los mudéjares.

A pesar de alguna victoria importante por parte del movimiento de las Germanías en Valencia, éste, en la fecha, es vencido. En efecto, el 3 de marzo de 1522 entran definitivamente las tropas reales en Valencia, realizándose la ejecución del radical Vicente Peris -líder de los revolucionarios- y sus más directos colaboradores. Únicamente Játiva y Alcira quedan bajo dominio agermanado, produciéndose un rebrote de la rebelión, esta vez acaudillada por un misterioso personaje conocido por “El Encubierto”, un impostor que se hace pasar por el infante Juan, hijo de los Reyes Católicos.

Tras el asesinato en Burjassot de “El encubierto” el 19 de mayo de 1522 por dos seguidores suyos para cobrar la recompensa ofrecida por el virrey, y la caída de Játiva y Alcira, se produce la derrota definitiva de los “agermanats”, nombrándose virrey de Valencia a  la viuda Germana de Foix, segunda esposa de  Fernando El Católico (fallecido en 1516) y que se había casado de nuevo esta vez con el duque de Calabria. Germana organizó una una brillante corte en Valencia al tiempo que firmaba sentencias de muerte (se mencionan 800 en varios años). Según otras fuentes, las represalias consistieron en confiscaciones y multas, sobre todo a las organizaciones gremiales, produciéndose escasos casos de pena de muerte.

El 23 de diciembre de 1524, la regente de Valencia concede un indulto a los “perayres” en un documento oficial que es considerado uno de los primeros redactados en castellano en el Reino de Valencia, lo que ha llevado a que algunos vean en la derrota de los “agermanats” una causa de la imposición de dicha lengua, al considerarlo como una represalia más contra los perdedores.

La pacificación efectiva del territorio no se produce hasta mayo de 1528, fecha en que el rey otorga un perdón general. Fecha muy tardía si se tiene en cuenta lo lejos que quedaba ya la derrota de los amotinados. Al igual que ha ocurrido en Castilla con los comuneros, las aspiraciones de los “agermanats” (agermanados) valencianos, que son en su gran mayoría maestros artesanos y labradores, no se ven cumplidas, volviéndose al anterior estado de cosas. También en el Reino de Valencia queda afirmada la autoridad real, esta vez por medio del virrey, y robustecido el poder de la nobleza.