Cuando llega a Barcelona el general GODED, que debe dirigir el levantamiento ante la negativa de adhesión del capitán general de Catalunya, los insurgentes ya han sido reducidos por lo que  el General GODED es hecho prisionero y llevado a presencia del presidente de la Generalitat. COMPANYS le presiona para que proclame por radio su rendición. La batalla ha producido 400 muertos y en las calles de Barcelona aparece el espectáculo insólito de ver juntos a milicianos y a guardias civiles celebrando la victoria. Una sublevación iniciada al amanecer está sofocada a la caída de la tarde. Pero al día siguiente todavía quedan dos reductos en poder de los sublevados: el cuartel de Atarazanas y el Convento de los Carmelitas, donde se han refugiado fuerzas del Regimiento de Santiago. El ataque al cuartel, apoyado por aviones de la base del Prat, hace que pronto las fuerzas populares entren al asalto. Los que defienden el Convento de los Carmelitas acaban por rendirse y salir con las manos en alto. Esto da lugar a una incontrolada matanza.

Fracasado el golpe militar en Catalunya, el control de a pie queda en manos de las organizaciones obreras, especialmente de los anarquistas. La Generalitat se ve impotente para controlar la situación y negociar con la CNT la creación del Comité Central de Milicias Antifeixistes, organismo integrado por todas las organizaciones de izquierdas (ERC, CNT-FAI, UGT, PSUC, POUM), y que durante unos meses será el centro de poder en Catalunya. La tarea del Comité debe consistir en restablecer el orden público (cosa que no consigue del todo), coordinar las acciones de las diferentes fuerzas que lo componen, preparar la defensa (al mismo tiempo que organiza las milicias populares) y organizar la economía en un sentido socializante. Al fin, Lluis COMPANYS conseguirá recuperar el control del poder, que en un primer momento ha pasado, de hecho, a manos del Comité Central de Milicias Antifascistas, bajo predominio anarquista. COMPANYS decide dejar partir por el puerto de Barcelona en barcos extranjeros a unas cinco mil personas sospechosas de poca simpatía con el régimen republicano cuya seguridad no puede garantizar en el clima de desbordamiento por la gran cantidad de asesinatos que se producen en la retaguardia en los días posteriores.

El 20 de julio de 1936, el presidente COMPANYS, por tal de encarrilar el proceso revolucionario que se ha puesto en marcha en la calle, crea el Comité Central de Milicias Antifascistas que reúne las diferentes fuerzas republicanas y obreras. Este Comité se crea bajo la presión ejercida por las centrales sindicales anarquistas CNT-FAI que han capitalizado la lucha obrera en las calles de Barcelona que ha conseguido doblegar a los militares sublevados contra la Segunda República Española. El Comité presenta un claro predominio de las organizaciones anarquistas, si bien también se encuentran representadas en el mismo todas las fuerzas del Frente Popular. Hacia el 27 de septiembre se tomará la decisión de suprimir su funcionamiento y el 1 de octubre de 1936 se autodisolverá, entre otros motivos, por una cierta estabilización de la situación y la necesidad de reforzar el papel de gobierno de la Generalitat. Algunos representantes del Comité se integrarán en el Gobierno de Catalunya.

En Catalunya, en mayo de 1937, la CNT-FAI pierde su hegemonía en beneficio de los comunistas y del partido del Gobierno, Esquerra Republicana de Catalunya. Durante el primer período de la guerra civil el gobierno de la Generalitat asume plenos poderes para hacer frente a la situación, lo que posibilita tomar las decisiones que impone la defensa de las instituciones de Catalunya. De este modo, ante la imposibilidad de convocar elecciones legislativas, se prorroga la legislatura y la presidencia de LLuis COMPANYS.

El Gobierno de Euzkadi con AGUIRRE como presidente, fija su sede en Barcelona.

A partir de octubre de 1937 se suceden los enfrentamientos de COMPANYS con el Gobierno republicano del doctor Juan NEGRÍN, instalado en Barcelona,

El presidente COMPANYS, en la fecha, es ratificado en su cargo por el Parlament català. Diversos decretos posteriores confirman legalmente el retroceso autonómico que Catalunya está experimentando al recuperar Madrid, por la fuerza de la situación, poderes sobre Catalunya cedidos a través del Estatuto de Autonomía de 1932.

Se desmienten los rumores de mediación extranjera y armisticio que han acompañado el viaje de NEGRÍN y COMPANYS por Europa.

En abril de 1938, tras la ocupación de Lleida, Lluis COMPANYS escribe una amarga carta al presidente del Gobierno español, quejándose de las arbitrariedades que estaba cometiendo y de la marginación que sufre el Gobierno catalán.

Tras la ocupación de Catalunya por las tropas franquistas, AZAÑA, vista la situación del frente, marcha a Francia el 5 de febrero. También lo hacen en la misma fecha, el presidente COMPANYS de Catalunya, que atraviesa por Perthus la frontera francesa. Le acompaña el lehendakari José Antonio AGUIRRE.